Para su gobierno y dirección académica y administrativa, la Universidad cuenta con un Consejo Superior, un Comité Directivo, la Rectora, uno o varios Vicerrectores, un Secretario General, un Consejo Académico, los Decanos y Jefes de Departamento, los Consejos de Facultad y todos los demás funcionarios y dependencias administrativas y académicas necesarias para el funcionamiento de la Institución.

La gobernanza de la Universidad de los Andes está dirigida por el Consejo Superior. El Consejo Superior, está conformado por personas de reconocida experiencia y conocimiento, que actúan ad honorem, sin recibir remuneración. Estas personas tienen un fuerte espíritu de servicio desinteresado y un compromiso a largo plazo con la Universidad, alineado con los intereses de la comunidad uniandina y la sociedad en general.

La Rectora es la representante legal de la Institución y le corresponde dirigir académica, administrativa y financieramente a la Universidad, de conformidad con las políticas y decisiones del Consejo Superior y del Comité Directivo. Este cargo lo ocupa actualmente Raquel Bernal Salazar. 

Raquel Bernal es economista de la Universidad de los Andes y ha estado vinculada a la institución como profesora de la Facultad de Economía desde 2006 y como profesora titular desde 2014. Desde 2019 asumió el cargo de Vicerrectora Académica, desde donde lideró el vertiginoso proceso de adaptación de la institución a la virtualidad, a causa de la pandemia, y encabezó el equipo que construyó el Programa de Desarrollo Integral (PDI 2021-2025) que marca la hoja de ruta de la Universidad durante los próximos cinco años. Entre 2012 y 2017 dirigió la iniciativa de la Encuesta Longitudinal Colombiana de la Universidad de los Andes asegurando cerca de USD 2 millones para financiar dos etapas y concretando el consorcio con el DANE para que la ELCA (ahora conocida como ELCO) pasara a ser parte del inventario de encuestas del país.